Bir s\u00fcredir paralel ortamda \u00e7al\u0131\u015fan bir molek\u00fcler optimizasyon kodu ile u\u011fra\u015f\u0131yorum. \u00c7o\u011fu \u015feye s\u0131f\u0131rdan ba\u015flad\u0131m, temel sa\u011flam olsun, ileride ba\u015fka sistemlere de kolayca ayarlay\u0131p aktarabileyim diye (\u015fu anda yazmakta oldu\u011fum kod sadece grafit bazl\u0131 karbon yap\u0131lar\u0131 konu edinebiliyor). Bu kod yaz\u0131m s\u00fcrecinde ger\u00e7ekten \u015fa\u015f\u0131rd\u0131\u011f\u0131m \u015feyler oldu ki bunlar\u0131n ba\u015f\u0131nda iki sene sa\u00e7\u0131m\u0131 ba\u015f\u0131m\u0131 yolmama ra\u011fmen pek bir \u015fey anlamad\u0131\u011f\u0131m Polak-Ribiere<\/i> (Fletcher-Reeves<\/i>‘i de dahil edebiliriz bittabii ki!) algoritmas\u0131n\u0131 bir gecede hatim eder gibi \u00c7OT!<\/b> diye kavramam oldu. \u015eu anda eldekiler:<\/p>\n
1) Bir fonksiyonun minimumunu hesaplayan bir algoritma + kod
\n2) \u0130\u015f y\u00fck\u00fcn\u00fc performansa g\u00f6re bilgisayarlara da\u011f\u0131tan bir algoritma
\n3) Bir sistemdeki etkile\u015fimleri bulan, bunlar\u0131 optimal bir \u015fekilde i\u015fleme \u00e7eviren algoritma + kod
\n4) Allinger’in MM3 form\u00fclasyonuyla sistem enerjisini hesaplayan algoritma + kod<\/p>\n
\u015eekilde g\u00f6r\u00fcld\u00fc\u011f\u00fc \u00fczere, helva yapmak i\u00e7in b\u00fct\u00fcn malzeme var elimizde, in\u015fallah helvay\u0131 da birka\u00e7 g\u00fcn i\u00e7inde yiyece\u011fiz.. 8)<\/p>\n
Kodu standart C++’da yaz\u0131yorum. Ba\u015fta \u015feytan \u00e7ok d\u00fcrtm\u00fc\u015ft\u00fc Visual C++ .NET Framework’de yazmam i\u00e7in ama iyi bir direni\u015f sergiledim. Hatta onun edit\u00f6r\u00fcn\u00fcn envai \u00e7e\u015fit otomatik-tan\u0131mlama l\u00fcks\u00fcnden bile vazge\u00e7ip, do\u011fruca VIM’in kollar\u0131na b\u0131rakt\u0131m kendimi. Derleyici olarak da g++<\/i> kullan\u0131yorum, “Kod Linux’da da derlenir mi acaba?” derdinden uzak duruyorum.. 8) (koduyorum, \u00e7\u0131k\u0131yorum.. 8)<\/i><\/p>\n
Hami\u015f<\/b> Mesaj\u0131 yazd\u0131m, akl\u0131ma geldi, bilim d\u00fcnyas\u0131nda \u015f\u00f6yle bir k\u00f6t\u00fc y\u00f6nelim var: insanlar sanki makaleleri m\u00fcmk\u00fcn oldu\u011funca anla\u015f\u0131lmaz, kar\u0131\u015f\u0131k yazmak i\u00e7in \u00e7aba sarfediyorlar. Hal b\u00f6yle olunca da, seminer veren bir amcan\u0131n seminerini dayand\u0131rd\u0131\u011f\u0131 ve bir t\u00fcrl\u00fc anlayamad\u0131\u011f\u0131n\u0131z o “a\u011f\u0131r” makalesi seminer s\u0131ras\u0131nda “aaa, bu kadar kast\u0131rd\u0131\u011f\u0131 \u015fey bu muymu\u015f!?!” nidan\u0131zla ve bir \u015fekilde kaz\u0131kland\u0131\u011f\u0131n\u0131z duygusuyla sizi ba\u015fba\u015fa b\u0131rak\u0131veriyor. Genelde kitaplar makalelerden \u00e7ok daha a\u00e7\u0131k bir anlat\u0131ma sahip ve dahi daha bir user-friendly<\/i> olsa da, sevgili Elijah Polak’\u0131n 1971 tarihli Computational Methods in Optimization<\/i> adl\u0131 k\u00fclt kitab\u0131 ne yaz\u0131k ki gereksizce bilgi\u00e7 tak\u0131l\u0131yor. Sonu\u00e7ta bu kitapta hedefledi\u011fi \u015feyin bir Optimizasyon Teorisi kurmak oldu\u011funu s\u00f6yl\u00fcyor, yani derdi sizin i\u015finize yarayacak bir kitaptan \u00e7ok, yeni bir dilin alfabesini ispatlarla temelden kurmak ama temcit pilav\u0131 gibi d\u00f6n\u00fcp dola\u015f\u0131p 3 tane algoritmay\u0131 300 sayfa boyunca \u00f6n\u00fcm\u00fcze koymas\u0131 biraz karizmay\u0131 \u00e7iziyor. 8( Bunun tam tersi bir \u00f6rnek olarak ise rahatl\u0131kla Peter S. Pacheco’nun Parallel Programming with MPI<\/i>‘\u0131n\u0131 verebilirim. Peter Amca anlataca\u011f\u0131 \u015feyleri o kadar do\u011fall\u0131kla ve sevecenlikle sunuyor ki! Hastas\u0131 oldu\u011fum Michael Morrison’\u0131n Understanding Quantum Physics : A User’s Manual<\/i>‘\u0131ndan sonra roman gibi bir solukta okudu\u011fum ikinci fizik\/bilim\/lala kitab\u0131..<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Bir s\u00fcredir paralel ortamda \u00e7al\u0131\u015fan bir molek\u00fcler optimizasyon kodu ile u\u011fra\u015f\u0131yorum. \u00c7o\u011fu \u015feye s\u0131f\u0131rdan ba\u015flad\u0131m, temel sa\u011flam olsun, ileride ba\u015fka sistemlere de kolayca ayarlay\u0131p aktarabileyim diye (\u015fu anda yazmakta oldu\u011fum kod sadece grafit bazl\u0131 karbon yap\u0131lar\u0131 konu edinebiliyor). Bu kod yaz\u0131m s\u00fcrecinde ger\u00e7ekten \u015fa\u015f\u0131rd\u0131\u011f\u0131m \u015feyler oldu ki bunlar\u0131n ba\u015f\u0131nda iki sene sa\u00e7\u0131m\u0131 ba\u015f\u0131m\u0131 yolmama ra\u011fmen … Okumaya devam et “helva: ya\u011f, un, \u015feker…”<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[8],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1262"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1262"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1262\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1262"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1262"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.emresururi.com\/blogs\/sururi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1262"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}