Kategori: Fizik

helva: yağ, un, şeker…

Bir süredir paralel ortamda çalışan bir moleküler optimizasyon kodu ile uğraşıyorum. Çoğu şeye sıfırdan başladım, temel sağlam olsun, ileride başka sistemlere de kolayca ayarlayıp aktarabileyim diye (şu anda yazmakta olduğum kod sadece grafit bazlı karbon yapıları konu edinebiliyor). Bu kod yazım sürecinde gerçekten şaşırdığım şeyler oldu ki bunların başında iki sene saçımı başımı yolmama rağmen pek bir şey anlamadığım Polak-Ribiere (Fletcher-Reeves‘i de dahil edebiliriz bittabii ki!) algoritmasını bir gecede hatim eder gibi ÇOT! diye kavramam oldu. Şu anda eldekiler:

1) Bir fonksiyonun minimumunu hesaplayan bir algoritma + kod
2) İş yükünü performansa göre bilgisayarlara dağıtan bir algoritma
3) Bir sistemdeki etkileşimleri bulan, bunları optimal bir şekilde işleme çeviren algoritma + kod
4) Allinger’in MM3 formülasyonuyla sistem enerjisini hesaplayan algoritma + kod

Şekilde görüldüğü üzere, helva yapmak için bütün malzeme var elimizde, inşallah helvayı da birkaç gün içinde yiyeceğiz.. 8)

Kodu standart C++’da yazıyorum. Başta şeytan çok dürtmüştü Visual C++ .NET Framework’de yazmam için ama iyi bir direniş sergiledim. Hatta onun editörünün envai çeşit otomatik-tanımlama lüksünden bile vazgeçip, doğruca VIM’in kollarına bıraktım kendimi. Derleyici olarak da g++ kullanıyorum, “Kod Linux’da da derlenir mi acaba?” derdinden uzak duruyorum.. 8) (koduyorum, çıkıyorum.. 8)

Hamiş Mesajı yazdım, aklıma geldi, bilim dünyasında şöyle bir kötü yönelim var: insanlar sanki makaleleri mümkün olduğunca anlaşılmaz, karışık yazmak için çaba sarfediyorlar. Hal böyle olunca da, seminer veren bir amcanın seminerini dayandırdığı ve bir türlü anlayamadığınız o “ağır” makalesi seminer sırasında “aaa, bu kadar kastırdığı şey bu muymuş!?!” nidanızla ve bir şekilde kazıklandığınız duygusuyla sizi başbaşa bırakıveriyor. Genelde kitaplar makalelerden çok daha açık bir anlatıma sahip ve dahi daha bir user-friendly olsa da, sevgili Elijah Polak’ın 1971 tarihli Computational Methods in Optimization adlı kült kitabı ne yazık ki gereksizce bilgiç takılıyor. Sonuçta bu kitapta hedeflediği şeyin bir Optimizasyon Teorisi kurmak olduğunu söylüyor, yani derdi sizin işinize yarayacak bir kitaptan çok, yeni bir dilin alfabesini ispatlarla temelden kurmak ama temcit pilavı gibi dönüp dolaşıp 3 tane algoritmayı 300 sayfa boyunca önümüze koyması biraz karizmayı çiziyor. 8( Bunun tam tersi bir örnek olarak ise rahatlıkla Peter S. Pacheco’nun Parallel Programming with MPI‘ını verebilirim. Peter Amca anlatacağı şeyleri o kadar doğallıkla ve sevecenlikle sunuyor ki! Hastası olduğum Michael Morrison’ın Understanding Quantum Physics : A User’s Manual‘ından sonra roman gibi bir solukta okuduğum ikinci fizik/bilim/lala kitabı..

Hal-i pür melal..

Haftanın başı, odamda oturuyorum. Genelde laboratuvarda otururum okuldayken ama bugün odamda oturmak istedi canım. Laboratuvardaki bilgisayarların birinde simülasyonumun ilk 72 derecelik etabı bitmiş idi, geçen seferkinin aksine fena gözükmüyor, yine de emin olmak için bir 36 derece daha çalıştırma taraftarıyım.

Geçtiğimiz perşembe günü, nihayet işleri yetiştirip Osaka Üniversitesi’nde, benim konuma yakın çalışan bir profesöre mail atıp durumumu anlattım ve CV’mi gönderdim, hala cevap bekliyorum. JSPS’in ilk alımlarının başvuru tarihinin 4-8 Eylül olduğundan yola çıkarak, hayli geç kalmış olduğumdan bahsedebiliriz. Tabii bu olmazsa ikinci dönem için başvuracağım ama o da taa 15 Ağustos’ta açıklandığından, iyice sakat oluyor.

Lepitopi tamirden geldi gelmesine de, bütün sorunları (ekran titremesi, kilitlenip kalması, ethernetin çalışmaması) halloldu fakat yeni bir problem baş gösterdi: artık RGB-out çalışmıyor. Sunum yapan ve film izleyen bir insan olarak hakikaten canımı sıkıyor bu konu. Sağolsunlar, teknik servisteki arkadaşlar ellerinden geleni yaptılar ama bir türlü hallolamadı. Bu sorunu fark eder etmez geri götürdüğümde, oradaki monitöre bağlamışlar ve sorunsuz bir şekilde RGB-out’un çalıştığını görünce, “Herhalde ben beceremedim, bir yere dikkat etmedim…” diye düşünmüştüm ama sonradan anlaşıldı ki, ancak onlarınki gibi çok eski, power-save modu olmayan monitörlerde görüntü alabiliyoruz. Neyse, sonra yoğun bir biçimde uğraştılar ama yapamadılar. Benim aklıma da iki RGB kablosunu Y olarak birleştirip, bir ucu monitöre, çatalın oradaki 2 girişten birini lepitopiye, diğerini de benim emektar kasa bilgisayarına bağlayıp, RGB sinyali hariç diğer bütün sinyaller için kasanın çıkışını kullanmak geldi. Böyle bir zahmete girmeden önce, bir kez daha eski monitörlerde çalışıp çalışmadığını test etmek için bölümde ne kadar eski monitör varsa denedim, ne yazık ki hiçbirinden görüntü alamadım. Bir ara yine teknik servise tekrar uğrayıp onların monitöründe test etmeyi planlıyorum ama içimden bir ses en kötümser tonuyla, teknik servistekilerin yapmak için uğraşırlarken iyice bozduklarını söylüyor.. 8(

Simülasyon kötü çıkmış, neylesin süpermen?

Ben labda (p334) bunları yazarken, yazdığım bilgisayarın yanındaki bilgisayar adım adım ve harıl harıl son nanoçark simülasyonunun sonuç snapshotlarını çekiyor – hesapta birleştirip çizgifilm yapacağım… Ama oturduğum yerden gayet de net olarak görmelerde olduğu manzara pek de iç açıcı değil (yandan video [0.8MB]). Kontrollü nanoçark -buna Haydar diyelim-, daha ilk andan, etkileşime girdiği, her bir şeyi yapmakta özgür olan diğer nanoçarka -buna da Özgür Kız Viliye diyelim, bir taaruza girip onu iyice uca kaçırttı ve bütün çabalarına rağmen son anları saymazsak, bir türlü düzgün çevirttiremedi. Pöff! Daha önceki çarklar epey güzel dönmüşlerdi [üstten video [5.4MB], yandan video [5.5MB]], bunlar biraz gıcık çıktı. Başlangıç ve sınır koşullarını tekrar gözden geçirmeliyim… Poffidi poffidi…

Haydar ve Viliye mutlu günlerinde.. (iBaşlangıç adımı)/i
Haydar ve Viliye mutlu günlerinde.. (Başlangıç adımı)